Служба была создана 5 июня 1931 года при Народном комиссариате земледелия СССР. Тогда было разработано положение о карантинном контроле над ввозом в страну сельскохозяйственной продукции и растений. С 2005 года задачами карантинной службы занимается Россельхознадзор.
О работе специалистов, которые обеспечивают фитосанитарную безопасность на территории Верхневолжья, в сюжете ТРК "Тверской проспект".