Химико-токсикологический отдел является самым большим отделом лаборатории. Это обусловлено различными направлениями деятельности, связанными с многочисленными и разнообразными исследованиями.
Деятельность отдела направлена на обеспечение контроля качества пищевой продукции, подтверждение ее безопасности и выявление различного рода фальсификаций состава пищевых продуктов.
В отделе также осуществляется контроль качества кормов для непродуктивных и сельскохозяйственных животных, проводятся биохимические исследования крови различных видов животных, испытания животноводческой и растениеводческой продукции.
В отделе проводятся экспертизы продукции на токсичные элементы, бенз(а)пирен, нитрозамины, полихлорированные бифенилы, гистамин, фикотоксины, микотоксины, остаточные количества пестицидов, антибиотиков, определяются основные показатели питательной ценности продукции, свежести и степени окислительной порчи продуктов и кормов для животных.
Кроме того, специалисты отдела проводят исследования воды, сырья, кормов, почвы, грунтов, органических и минеральных удобрений по широкому числу показателей.
Здесь работают около 30 специалистов высокой квалификации. Среди них один кандидат наук.
Благодаря уровню подготовки специалистов, их инициативности и стремлению к самосовершенствованию и открытию новых направлений в работе отделом успешно применяются методы иммуноферментного анализа (ИФА), высокоэффективной жидкостной хроматографии (ВЭЖХ), высокоэффективной хроматомасспектрометрии (ВЭЖХ-МС), газовой и жидкостной хроматографии (ГХ, ГХ-МС), атомноабсорбционной спектрометрии.